Fue fundada en 1864, aunque su colonización es anterior en varias décadas.

Favorablemente situada entre el río Nanay y la margen izquierda del río Amazonas, es el puerto fluvial más importante del país, con 280,000 habitantes.

El clima de Iquitos es cálido y húmedo, con una temperatura mínima de 17 a 20 grados entre junio y julio y una máxima de hasta 36 grados en los meses de diciembre a marzo. No obstante que el clima es cálido en estos meses se considera esta época del año como invierno. La humedad promedio es de 84%.

La ciudad se halla a orillas de un brazo secundario del río Amazonas, frente a un gran blanco permanente llamado Padre Isla, boscoso y de casi veinte kilómetros de longitud. La ciudad está rodeada de un sin número de ríos y canales menores. A poca distancia se halla la confluencia del gran río Napo con el Amazonas. En este mundo fluvial, las comunicaciones dependen tanto o más de la navegación que del transporte terrestre, prácticamente inexistente fuera de la ciudad de Iquitos.

El medio de transporte más difundido en la ciudad es el motocar o triciclo motorizado para pasajeros. En los ríos son tradicionales el Peque-Peque, el bote Pacamari (más grande, y techado para conveniencia del viajero) y el deslizador de potente motor y mayor velocidad. También existen navíos de alta borda para pasajeros.